El jeque Zayed bin Sultan Al Nahyan, primer presidente de los Emiratos Árabes Unidos, escogió el fuerte de Al Ain (construido a finales del siglo XIX) para albergar un museo por su proximidad a una serie de yacimientos arqueológicos que se remontan al quinto milenio antes de nuestra era. El fuerte se restauró en 1969, usando los mismos materiales de la construcción original, y en 1971 se inauguró un nuevo edificio que contenía dos salas expositivas, que se ampliaron con dos adicionales en 1975 para albergar el gran número de piezas arqueológicas halladas en las inmediaciones de Al Ain.
El museo cuenta actualmente con dos secciones principales: una etnográfica y otra arqueológica. Bajo la supervisión del Departamento de Cultura y Turismo de Abu Dhabi, se ha promovido la restauración del fuerte y la renovación del museo con el propósito de incrementar el atractivo cultural de esta antigua construcción histórica, preservar las colecciones arqueológicas y emplear las últimas tecnologías para mejorar la forma en que éstas se exponen.
